Παρακαλώ χρησιμοποιήστε αυτό το αναγνωριστικό για να παραπέμψετε ή να δημιουργήσετε σύνδεσμο προς αυτό το τεκμήριο:
https://hdl.handle.net/123456789/1883| Τύπος: | Άρθρο σε επιστημονικό περιοδικό |
| Τίτλος: | Differentiation between Botryosphaeria dothidea and Neofusicoccum spp. based on a single nucleotide polymorphism in the ITS region |
| Συγγραφέας: | [EL] Παλαβούζης, Σταύρος[EN] Palavouzis, Stavros [EL] Τριανταφυλλοπούλου, Αλεξάνδρα[EN] Triantafyllopoulou, Alexandra |
| Συμβουλευτική επιτροπή: | [EL] Τζίμα, Αλίκη[EN] Tzima, Aliki [EL] Παπλωματάς, Επαμεινώντας[EN] Paplomatas, Epaminondas |
| Ημερομηνία: | Ιου-2022 |
| Περίληψη: | Οι μύκητες που ανήκουν στην οικογένεια Botryosphaeriaceae είναι ευρέως διαδεδομένα παθογόνα πολλών αγγειόσπερμων, προκαλώντας ασθένειες σε διάφορες οικονομικά σημαντικές καλλιέργειες. Τα σημαντικότερα μέλη της οικογένειας για την Ελλάδα και άλλες μεσογειακές χώρες είναι τα Botryosphaeria dothidea, Neofusicoccum hellenicum, Neofusicoccum mediterraneum και
Neofusicoccum parvum. Η μεγάλη συχνότητα ταυτόχρονης απομόνωσης διαφόρων ειδών της οικογένειας Botryosphaeriaceae από τον ίδιο ξενιστή, καθώς και το εκτεταμένο εύρος ξενιστών του B.dothidea, καθιστούν αναγκαία την ανάπτυξη ταχέων και αξιόπιστων μεθόδων ανίχνευσης. Η παρούσα μελέτη παρουσιάζει ένα νέο και ισχυρό μοριακό διαγνωστικό εργαλείο που βασίζεται στη μέθοδο της PCR με τη χρήση εκκινητών σχεδιασμένων σε σημεία με πολυμορφισμό απλού νουκλεοτιδίου (SNP) στην περιοχή ITS (εσωτερική μεταγραφόμενη περιοχή) των ειδών B. dothidea και Neofusicoccum spp. Οι εκκινητές SNP που κατασκευάστηκαν με ή χωρίς πρόσθετα νουκλεοτίδια χωρίς ομολογία συνδυάστηκαν με τον ίδιο ανοδικό γενικό εκκινητή για να ενισχύσουν διακριτά τμήματα. Όταν αξιολογήθηκαν σε αναλύσεις PCR, οι εκκινητές με πρόσθετα νουκλεοτίδια χωρίς ομολογία βρέθηκαν να έχουν την υψηλότερη ικανότητα διαφοροποίησης. Αξιολογείται περαιτέρω η δυνατότητα ανάπτυξης δοκιμών SNP προκειμένου να γίνει διαφοροποίηση μεταξύ των ειδών Neofusicoccum. Fungi belonging to the Botryosphaeriaceae family are widespread pathogens of many angiosperms, causing disease on various high value crops. The most important members of the family for the Greek region and other Mediterranean countries are Botryosphaeria dothidea, Neofusicoccum hellenicum, Neofusicoccum mediterraneum and Neofusicoccum parvum. The frequently concurrent isolation of Botryosphaeriaceae species from the same host, as well as the extensive host range of B. dothidea, necessitate the development of rapid and reliable detection methods. This study presents a new and robust molecular diagnostic tool, in the form of a PCR method based on primers designed on an SNP (single nucleotide polymorphism) located in the ITS region (Internal Transcribed Region) of B. dothidea and Neofusicoccum species. SNP primers constructed with or without added mismatch nucleotides were combined with the same upstream universal primer to generate distinct amplicons. When evaluated in PCR assays, mismatched primers were found to have the highest diff erentiation capability. The potential for further development of SNP assays in order to diff erentiate between species is being evaluated. |
| Γλώσσα: | Αγγλικά |
| Σελίδες: | 8 |
| DOI: | 10.2478/hppj-2022-0006 |
| EISSN: | 2732-656X |
| Θεματική κατηγορία: | [EL] Γεωπονία, διεπιστημονική προσέγγιση[EN] Agriculture, interdisciplinary |
| Λέξεις-κλειδιά: | diagnosis; internal transcribed spacer region; molecular marker; Neofusicoccum; SNPs |
| Κάτοχος πνευματικών δικαιωμάτων: | © Benaki Phytopathological Institute |
| Ηλεκτρονική διεύθυνση του τεκμηρίου στον εκδότη: | https://sciendo.com/article/10.2478/hppj-2022-0006 |
| Ηλεκτρονική διεύθυνση περιοδικού: | https://www.hppj.gr/ |
| Τίτλος πηγής δημοσίευσης: | Hellenic Plant Protection Journal |
| Τεύχος: | 15 |
| Σελίδες τεκμηρίου (στην πηγή): | 49-56 |
| Σημειώσεις: | This Research Project is co-fi nanced by Greece and the European Union (European Social Fund) through the Operational Program «Human Resources Development, Education and Lifelong Learning 2014-2020» and the Program encoded EDBM103, titled “Support for researchers with an emphasis on young researchers-cycle B’”, in the context of the project “Risk evaluation of development of a resistant form of disease via transfer of mating type genes from the Botryosphaeria dothidea species to species of the genus Neofusicoccum” (MIS 5048471). |
| Εμφανίζεται στις συλλογές: | Ερευνητικές ομάδες |
Αρχεία σε αυτό το τεκμήριο:
Το πλήρες κείμενο αυτού του τεκμηρίου δεν διατίθεται προς το παρόν από το αποθετήριο